सदस्यांचे मृत्यू जवळून पाहिल्याने शहाणे यांच्या व्यक्तिमत्त्वात संवेदनशीलता, हळवेपणा, तटस्थपणा आणि जीवन- मृत्यूविषयक असंख्य प्रश्न निर्माण झाले. यातून ते गंभीर लेखनाकडे वळले. मनुष्य म्हणजे नियतीच्या हातातील बाहुले असून त्याचे अस्तित्व क्षुद्र आहे, हा विचार त्यांच्या लेखनातून प्रकटला. शहाणे यांचे वाङ्मय विविध स्वरूपी होते. कथा, कादंबरी, एकांकिका याप्रकारांतून त्यांनी वैशिष्ट्यपूर्ण साहित्य निर्मिती केली. त्यांच्या धाकटे आकाश, झाकोळ, देवाचा शब्द, पुत्र, ससे, आरसे, संचित अशा विविध विषय हाताळणाऱ्या अकरा कादंबऱ्या लिहिल्या आणि त्या सगळ्या लोकप्रिय ठरल्या.

मनोहर शहाणे यांनी विपुल कथालेखनही केले. मनुष्यजीवन, त्यातील सुख-दुःख, प्रेम- प्रेमभंग, अस्वस्थता, दारिद्र्य, ज्येष्ठ नागरिक, मृत्यू असे गंभीर, भेदक व मार्मिक विषय हाताळले. शहाणेंच्या बहुतेक कथा मानवी जीवन-जगण्यातील, वर्तनातील अस्वस्थपण रेखाटतात. आरोपी दादासाहेब देशमुख ? (१९९९) हे नाटक आणि तो जो कुणी एक (२००३) यातील चार एकांकिकांतूनही विविध विषय त्यांनी हाताळले. त्यांच्या साहित्याची दखल घेऊन २००५ मध्ये महाराष्ट्र फाउंडेशनचा जीवनगौरव पुरस्काराने गौरविण्यात आले. महाराष्ट्र सरकार आणि महाराष्ट्र साहित्य परिषदेचे सर्वोत्कृष्ट साहित्य पुरस्कार त्यांना मिळाले. शहाणे यांच्या एकांकिकांचे फ्रेंच आणि इंग्रजीभाषेत अनुवाद झाले.