आर्यन खान ड्रग्ज प्रकरणात लाचखोरीचे आरोप झाल्यानंतर एनसीबीच्या दक्षता समितीने विभागीय चौकशी सुरू केली. या चौकशीत वानखेडे यांच्यासह तत्कालीन अधीक्षक विश्व विजय सिंग, गुप्तचर अधिकारी आशीष रंजन यांच्यासह के. पी. गोसावी आणि सॅनविल यांच्यावर ठपका ठेवण्यात आला आणि याबाबत गुन्हा दाखल करण्यासाठी सीबीआयकडे तक्रार करण्यात आली. तक्रारीमध्ये दक्षता समितीने त्यांचा अहवाल सादर केला आहे. वानखेडे आणि इतरांनी हा कट कसा रचला याबद्दलची माहिती यामध्ये आहे. त्यावरून सीबीआयने गुन्हा दाखल करीत पुढील प्रक्रिया सुरू केली. तत्पूर्वी विभागीय चौकशी सुरू असतानाच वानखेडे यांनी दिल्ली उच्च न्यायालयात धाव घेतली. न्यायालयाने त्यांना दिलासा देत प्रकरण मुंबई उच्च न्यायालयाकडे पाठविले.
मुंबई उच्च न्यायालयात वानखेडे यांच्या वतीने आर्यन खान प्रकरणात लाचखोरी आणि खंडणीचे आरोप फेटाळून लावण्यात आले. यासाठी दिलेल्या पुराव्यात त्यांनी शाहरूख खान याच्यासोबतचे संभाषणही सादर केले. न्यायालयाने त्यांना अटकपासून संरक्षण देत सीबीआयच्या चौकशीला सामोरे जाण्याचे निर्देश दिले. सीबीआयच्या वांद्रे कुर्ला कॉम्प्लेक्स येथील कार्यालयात सकाळी साडेदहाच्या सुमारास वानखेडे पोहोचले. एनसीबीच्या दक्षता समितीने नोंदविलेले आक्षेप, समीर वानखेडे यांनी न्यायालयात मांडलेली बाजू, उत्पन्नाचे स्रोत, शाहरूखसोबत झालेले संभाषण या तसेच अन्य काही मुद्द्यांवर वानखेडे यांना प्रश्न विचारण्यात आले. सायंकाळी साडेचारच्या सुमारास ते सी
चौकशीला जाताना ‘मी लढणार, सत्यमेव जयते’, अशी प्रतिक्रिया वानखेडे यांनी प्रसारमाध्यमांच्या प्रतिनिधींना दिली. विभागीय चौकशीत दक्षता समितीने ठपका ठेवला आणि त्याआधारे सीबीआयने गुन्हा दाखल केला असल्याने वानखेडे यांचे निलंबन होण्याची दाट शक्यता आहे. वानखेडे यांना अटक झाली नसली तरी विभागीय चौकशीच्या आधारे ते सध्या कार्यरत असलेले केंद्रीय अप्रत्यक्ष कर आणि सीमाशुल्क मंडळ याबाबत निर्णय घेऊ शकते, असेही म्हटले जात आहे.