एनआयएने या प्रकरणात तपासाअंती राजेंद्र चौधरी, धन सिंग, मनोहर नरवारिया व लोकेश शर्मा यांच्याविरोधात आरोपपत्र ठेवले होते. त्यानंतर विशेष एनआयए न्यायालयाने ऑक्टोबर-२०२५मध्ये त्यांच्याविरोधात आरोप निश्चित केले होते. त्याविरोधात त्यांनी ॲड. गिरीश कुलकर्णी, ॲड. कौशिक म्हात्रे व ॲड. प्रकाश सालसिंगीकर यांच्यामार्फत अपिल केले होते. त्याविषयीच्या सुनावणीअंती मुख्य न्यायमूर्ती श्री चंद्रशेखर व न्या. श्याम चांडक यांच्या खंडपीठाने अपिल मान्य केल्याचे बुधवारी जाहीर केले.

Ritu Tawde: मुंबईत भाजपच्या मोर्चात महिलेचा राडा; महापौरांकडून नागरिकांची दिलगिरी, परवानग्यांबद्दलही केला खुलासा
‘मुस्लिम समुदायातील काहींनीच दंगल घडावी या उद्देशाने कट रचून हे बॉम्बस्फोट घडवले. मे-२००६मध्ये एका आरोपीच्या लग्नात झालेल्या बैठकीत कट रचण्यात आला’, असा आरोप ठेवत एटीएसने नऊ मुस्लिम तरुणांना अटक करून त्यांच्याविरोधात आरोपपत्र दाखल केले होते. नंतर फेब्रुवारी-२००७मध्ये तपास सीबीआयकडे हस्तांतरित झाला.

सीबीआयनेही आपल्या आरोपपत्रात एटीएसच्या तपासाला दुजोरा दिला. मात्र, एप्रिल-२०११मध्ये हा तपास एनआयएकडे वर्ग झाल्यानंतर त्या तपाससंस्थेने वेगळीच ‘थिअरी’ मांडली. अजमेर शरीफ व मक्का मशीद स्फोटांच्या प्रकरणातील आरोपी स्वामी असीमानंद यांच्या कबुलीजबाबाचा आधार घेत, मालेगाव बॉम्बस्फोटांमागे कट्टर हिंदुत्ववादी असल्याचा दावा करत एनआयएने या चार आरोपींना अटक केली.

BMC Water Bill Arrears: थकबाकीचा पूर! मुंबई महापालिकेचे पाणीबिलाचे 5207 कोटी रुपये थकीत
‘मालेगाव स्फोटांमध्ये सुनील जोशी (आता दिवंगत) व त्यांच्या सहकाऱ्यांचा सहभाग होता’, असा आरोप एनआयएने ठेवला आणि या चार आरोपींना डिसेंबर-२०१२ ते जानेवारी-२०१३ या कालावधीत अटक केली. त्या पार्श्वभूमीवर, एनआयएने आधीच्या नऊ आरोपींना ‘क्लीन चीट’ दिली होती. त्यामुळे विशेष एनआयए न्यायालयाने सन २०१६मध्ये आरोपमुक्त केले. या निर्णयाविरुद्ध एटीएसने मुंबई उच्च न्यायालयात अपिल केले असून, ते आजही प्रलंबित आहे.

दरम्यानच्या काळात असीमानंद यांनी आपल्याकडून बळजबरीने कबुलीजबाब घेण्यात आल्याचे हैदराबाद विशेष एनआयए न्यायालयात म्हटल्यानंतर तो जबाब स्वीकारण्यास त्या न्यायालयाने नकार दिला होता. आरोपमुक्तीसाठी राजेंद्र चौधरी यांच्यासह चार आरोपींनी विशेष एनआयए न्यायालयात घेतला होता. मात्र, तरीही त्या न्यायालयाने त्यांच्याविरोधात आरोप निश्चित केले होते. या आरोपींचे जामीन अर्ज त्या न्यायालयाने फेटाळल्यानंतर त्यांनी सन २०१६मध्ये अपिल केले होते. त्याविषयीच्या सुनावणीअंती, उच्च न्यायालयाने १४ जून २०१९ रोजी त्यांना सशर्त जामीन मंजूर केला होता. तेव्हापासून हे चौघे आरोपी जामिनावर आहेत. मात्र, बुधवारी त्यांच्यावर निश्चित झालेले आरोपच उच्च न्यायालयाने फेटाळल्याने आता त्यांच्याविरोधातील खटलाच बंद झाला आहे. या पार्श्वभूमीवर, २००६मधील मालेगाव बॉम्बस्फोटांचा हा खटला आता कोणत्याही अटकेत नसलेल्या आरोपीविनाच असल्याचे चित्र आहे.
Girish Mahajan: ती महिला वाटेल तसं बोलली, शिव्या दिल्या; वरळीत आंदोलनावेळी नेमकं काय घडलं? गिरीश महाजनांनी सांगितलं
२००८ चे बॉम्बस्फोट प्रकरण
उच्च न्यायालयात मालेगावमध्येच मशिदीजवळच्या अंजुमन चौक व भिकू चौक येथे २९ सप्टेंबर २००८ रोजी रात्री ९.३० वाजता भीषण बॉम्बस्फोट होऊन सहा जणांचा मृत्यू झाला, तर १०१ जण जखमी झाले होते. त्या खटल्यातील मुख्य आरोपी साध्वी प्रज्ञासिंह ठाकूर यांच्यासह सर्व आरोपींना विशेष एनआयए न्यायालयाने ३१ जुलै २०२५ रोजीच्या निकालाद्वारे निर्दोष ठरवले. मात्र, त्या बॉम्बस्फोटात बळी ठरलेल्या सहा जणांच्या कुटुंबीयांनी एनआयए न्यायालयाच्या निकालाविरोधात केलेले अपिल सध्या उच्च न्यायालयात प्रलंबित आहे.

प्रकरण काय ?
-८ सप्टेंबर २००६ रोजी दुपारी १.४५ ते २ दरम्यान मालेगाव शहरात चार ठिकाणी बॉम्बस्फोट
-तीन स्फोट हमीदिया मशीद व बडा कब्रस्तान परिसरात शुक्रवारी नमाजानंतर
-चौथा स्फोट मुशावरत चौकात झाला होता.