शिर्डीच्या साईबांबाच्या मंदिराची सुरक्षा हा संवेदनशील विषय आहे. अनेकदा धमक्या आल्याने सुरक्षा व्यवस्था चांगली असावी, अशी मागणी होत होती. सामाजिक कार्यकर्ते संजय काळे यांनी यासंबंधी उच्च न्यायालयात याचिका दाखल केली होती. त्यावर सुनावणी घेताना कोर्टाने सरकारला सुरक्षेसंबंधी काळजी घेण्याचे निर्देश दिले. यात लक्ष घालण्याची हमी देत सरकारने साई समाधी मंदिरासाठी केंद्रीय औद्योगीक सुरक्षा दल तैनात करणार असल्याचे सांगितले होते.
मात्र, याला शिर्डीतून विरोध सुरू झाला. या सुरक्षा व्यवस्थेची पद्धत पहाता त्यांचा भाविक आणि स्थानिक ग्रामस्थांनाही त्रास होईल. त्याचा या तीर्थक्षेत्रावर विपरित परिणाम होईल, अशी तक्रार ग्रामस्थांनी केली. आपल्या या मागणीकडे लक्ष वेधण्यासाठी १ मे रोजी शिर्डीत बंद पुकारण्यात आला. त्यावेळी सरकारतर्फे मंत्री राधाकृष्ण विखे पाटील यांनी सकारात्मक निर्णय घेण्याचे आश्वासन दिले होते. त्यामुळे ग्रामस्थांनी बंद मागे घेतला.
मधल्या काळात सरकारने आपला निर्णय बदलला. आता सीआयएफ ऐवजी महाराष्ट्र सुरक्षा बल तैनात करण्यात आले आहे. साई मंदिराला यापूर्वी महाराष्ट्र पोलिसांची सुरक्षा होती. त्यांची जागा आता ही नवी सुरक्षा व्यवस्था घेणार आहे. महाराष्ट्र सुरक्षा बल ही राज्य सरकारची यंत्रणा आहे. २०१० मध्ये या यंत्रणेची स्थापना करण्यात आली आहे. राज्य सरकार, केंद्र सरकारची राज्यातील कार्यालये, सार्वजनिक क्षेत्रातील उपक्रम अशा ठिकाणी ही सुरक्षा यंक्षणा पुरविली जाते. आता तीच शिर्डीत नियुक्त करण्यात आली आहे. शनिवारी या जवानांची तुकडी शिर्डीत दाखल झाली. सध्या एक तुकडी आली असली तरी एकूण ७० ते ७५ जवानांची येथे नियुक्ती केली जाणार असल्याचे सांगण्यात आले.